KRÁTKÉ KURZY

Kurzy proběhnou v neděli 13. září od 14 do 18 hod. a v pondělí 14. září od 8 do 12. hod., vždy 1:45 hod. první část, pak 30 min přestávka na kávu, a 1:45 hod. druhá část, celkem 3:30 min výuky. Ceník a registraci na kurzy najdete v záložce "Registrace".

 

Neděle 13. září

A/ Spojení dvourozměrné kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie: teoretické základy a praktické aplikace

    (přednášející Petr Česla a Tomáš Hájek)

              Úvod do dvourozměrné kapalinové chromatografie, instrumentace

              Volba fázových systémů v obou rozměrech, výběr kolon

              Podmínky při převodu frakcí, optimalizace gradientových profilů

              2D chromatogramy – vizualizace a vyhodnocení, kvalitativní a kvantitativní analýza

              Specifika při spojení 2D LC s hmotnostní spektrometrií

B/ Statistické vyhodnocení dat v bioanalytické chemii

    (přednášející David Friedecký)

  Jak správně naplánovat experiment

  Transformace dat, problematika odlehlých hodnot

  Jednorozměrné statistické nástroje

  Vícerozměrné statistické nástroje

  Validace/verifikace bioanalytické metody

C/ Interpretace EI spekter – 1. část

     (přednášející Miroslav Polášek)

Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter

Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci

Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace probíhající v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků

Po dohodě s lektorem, možnost společné diskuze o EI spektrech z vlastní praxe

 

Pondělí 14. září

D/ Lipidomic analysis

    (přednášející Gerhard Liebisch)

Structures and functions of lipids

Lipid species nomenclature

Sample preparation

Shotgun Lipidomics

LC-based Lipidomics

Data processing - Identification and quantitation of lipid species

Resources, tools, caveats, standards

E/ Úvod do proteomické analýzy s využitím hmotnostní spektrometrie - KAPACITA NAPLNĚNA

    (přednášející Petr Novák, Petr Halada, Karel Harant, Petr Talacko)

Úvod do tajů identifikace bílkovin hmotnostní spektrometrii

Principy peptidového mapování

Jak funguje peptidové mikrosekvenování

Příprava proteomických dat pro proteomickou analýzu

Statistické vyhodnocení proteomických dat

 Visualizace proteomických dat – identifikované peptidy a jejich četnost

C/ Interpretace EI spekter – 2. část

    (přednášející Miroslav Polášek)

Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter

Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci

Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace probíhající v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků

Po dohodě s lektorem, možnost společné diskuze o EI spektrech z vlastní praxe

 

Přednášející

Petr Česla je docentem na Katedře analytické chemie Univerzity Pardubice od roku 2016. Jeho výzkumné aktivity jsou zaměřeny na separační techniky v kapalné fázi - kapalinovou chromatografii, kapilární elektroforézu a jejich uplatnění  ve vícerozměrných separačních systémech. Věnuje se vývoji optimalizačních postupů, a postupů pro vyhodnocení 2D dat, pro které vyvinul vlastní software. Výsledky práce publikoval ve více než 40 odborných článcích v recenzovaných mezinárodních časopisech a několika kapitolách v monografiích.

David Friedecký je docentem analytické chemie na Univerzitě Palackého v Olomouci. Pracuje v Laboratoři dědičných metabolických poruch, Oddělení klinické biochemie, Fakultní nemocnice Olomouc, kde odpovídá za vývoj a supervizi LC/MS metod pro terapeutické monitorování léčiv, diagnostiku dědičných metabolických poruch a rozšířený novorozenecký screening. Jeho vědecké aktivity na Lékařské fakultě zahrnují klinické aplikace metabolomiky, vývoj LC/MS metod a analýzu dat. Publikoval více než 70 vědeckých článků a několik kapitol v momografiích. Mimo jiné obdržel čestné uznání Ministra školství, mládeže a tělovýchovy (TALENT ´98) a ceny České společnosti pro klinickou biochemii za nejlepší publikace (2012, 2013 a 2017).

Tomáš Hájek je odborným asistentem na Katedře analytické chemie Univerzity Pardubice. Od roku 2006 se věnuje vícerozměrné kapalinové chromatografii pod vedením profesora Pavla Jandery. Zabývá se optimalizací a charakteristikou "comprehensive" dvoudimenzionální kapalinové chromatografie, studiem principů separace a retenčních mechanismů, a analýzou potravin. Výsledky jeho výzkumné činnosti byly publikovány ve více než 30 odborných článcích v recenzovaných mezinárodních časopisech.

Petr Halada je zaměstnancem Mikrobiologického ústavu AV ČR, v.v.i. nepřetržitě od roku 1997. V letech 1997-2018 byl členem Laboratoře charakterizace molekulární struktury, od roku 2019 pak pracuje v Laboratoři strukturní biologie a buněčné signalizace. Už od svých vědeckých začátků se věnuje charakterizaci a identifikaci bílkovin a jejich modifikací pomocí hmotnostně spektrometrických metod. V posledních letech se intenzivně zaměřuje na využití proteinového profilování pomocí hmotnostní spektrometrie k druhové identifikaci organismů. Výsledky své vědecké činnosti publikoval ve více než 140 odborných článcích v recenzovaných mezinárodních časopisech.

Gerhard Liebisch obtained his PhD at the University of Regensburg. He is research associate at the Institute of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine at the University Hospital in Regensburg and responsible for the instrumental analytics lab. His research interests focus on development of mass spectrometric methods for lipid species quantification. For more than 20 years, these methods are applied in clinical studies and basic research including the use of stable isotope labelled lipid(s)/-precursor to trace transport and metabolism of lipids. He is a co-author of more than 190 papers in peer reviewed international journals, h-index 43, editorial board member of The Journal of Lipid Research. He is a co-founder of the Lipidomics Standards Initiative and board member in the International Lipidomics Society.

Petr Novák je vedoucím Laboratoře strukturní biologie a buněčné signalizace na Mikrobiologickém ústavu AV ČR, v.v.i. od roku 2013. V letech 2004-20212 byl zaměstnancem Laboratoře charakterizace molekulární struktury na Mikrobiologickém ústavu AV ČR, v.v.i a v období 2002-2004 pracoval pro Sandia National Laboratories v Kalifornii. Jeho výzkumné aktivity jsou zaměřeny na vývoj nových postupů pro kovalentní modifikace bílkovin a nukleových kyselin a jejich následnou identifikací pomocí kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostně spektrometrickou detekcí. Získané informace poté lze použít pro návrh prostorových modelů bílkovin nebo jejich komplexů např. s nukleovými kyselinami. Dále se věnuje vývoji nových technik pro kvalitativní a kvantitativní analýzu bílkovin v tělních tekutinách s využitím desorpční hmotnostní spektrometrie. Výsledky své práce publikoval ve více než 130 odborných článcích v recenzovaných mezinárodních časopisech a několika kapitolách v monografiích.

Miroslav Polášek se začal zbývat hmotnostní spektrometrií v roce 1991, kdy nastoupil jako odborný pracovník do oddělení chemické fyziky tehdejšího Ústavu fyzikální chemie a elektrochemie J. Heyrovského, Československé akademie věd. Zde až do roku 1998 pracoval po boku dr. Vladimíra Hanuše a pod jeho laskavým vedením postupně pronikal do tajů objasňování struktury organických sloučenin pomocí metod hmotnostní spektrometrie. Po následující dvouleté stáži ve skupině prof. F. Turečka na University of Washington v Seattlu se v roce 2000 vrátil na zpět na ÚFCH JH, kde působí dodnes. Ve své současné výzkumné práci mj. kombinuje experimentální a teoretický přístup ke studiu fundamentálních aspektů fyziky a chemie iontů v plynné fázi, zejména iontově-molekulových reakcí a fragmentací molekulových iontů.

 

Petr Česla	David Friedecký	Tomáš Hájek	Petr Halada	Gerhard Liebisch	Petr Novák	Miroslav Polášek